大蒜锈病在发病初期的时候，可以选用15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液、97%敌锈钠可湿性粉剂300倍液，或者是20%三唑酮乳油2000倍液防治，喷药的时候要10-15天左右进行一次，正常情况下用1-2次就行了。若是降雨比较频繁的话，需要做好检查工作，有必须的话还要喷药进行预防。

目前市面上常用的防治大蒜锈病的药剂有以下几种：三唑酮、腈菌唑、苯醚甲环唑、嘧菌酯等（还有其他），也可使用复配药剂，比如常用的苯甲·嘧菌酯、氟环唑·嘧菌酯等，可根据当地的锈病严重程度以及抗性来选择药剂，如果一次不行，中间间隔7-10天左右，再次喷施。