世界各国育成的品种大多是3-5个甘蔗原种的杂交后代，继而进行品种间杂交和回交育成，基本上是同质遗传型组成品种的再组合。故导致甘蔗品种近亲繁殖，遗传基础狭窄，血缘相近，致使甘蔗育种在产量、糖分和抗性等方面一直难有较大突破。

甘蔗育种需要有性杂交，而繁殖则是无性繁殖。品种内的每株甘蔗都是相同的基因型，除非偶然发生突变，否则非常一致。