水稻恶苗病发病原因是浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染，引起苗枯，死亡后产生分生孢子传播到健康苗上，引起再次侵染，在定植后可扩展到整株，造成秕谷或畸形，在颖片合缝处产生淡红色粉霉。